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Synthèses des connaissances: Sélectionner les études

Ce guide propose des informations et ressources sur les synthèses des connaissances.

IA et automatisation dans Covidence

Covidence commence à proposer des solutions intégrant l'intelligence artificielle. Deux outils sont disponibles :

 

1. Tri par pertinence
Le tri Most relevant utilise l’apprentissage automatique (Machine learning), qui est un champ d’étude de l’intelligence artificielle pour identifier des tendances dans vos comportements de sélection, afin de présenter en début de liste les références qui ont le plus de chance d’être sélectionnées.
Tous les détails dans cette page.

 

2. Identifier et retirer automatiquement des non-ECRs

Un algorithme de classification (Classificateur) pour les essais randomisés contrôlés (ECRs) a été intégré dans le processus de sélection, mais uniquement pour les revues du domaine médical/sciences de la santé.

La fonction peut:

  • Étiqueter automatiquement des références comme étant de « possible ECR » ou « pas un ECR », ce qui permet de filtrer les références selon ces étiquettes.
  • Exclure les références étiquetées Not RCT avant de commencer la sélection.

Tous les détails dans cette page.

 

Sélectionner les études

La sélection des études s'effectue en 3 étapes: 1) la sélection à partir du titre et résumé, 2) l'importation du texte intégral des articles et 3) la sélection suite à la lecture du texte intégral.

La majorité des méthodes en synthèses des connaissances recommandent l'utilisation de 2 réviseurs pour la sélection (paramètre par défaut dans Covidence). Les explications de cette section sont en fonction de cette recommandation.

 

Covidence intègre quelques outils d'intelligence artificielle pour la sélection: voir cet encadré à gauche et cet article de leur blog. 

Sélection des références

Marche à suivre pour chaque réviseur
  1. Dans la sous-section Title and abstract screening, appuyez sur Continue
  2. Après la lecture du titre et du résumé, votez Yes, No ou Maybe

Options:

  • Filter permet de chercher des mots ou filtrer selon vos étiquettes (study tags)
  • Tags permet d’étiqueter une référence cochée
  • Criteria montre/cache vos critères PICOS d’inclusion/exclusion
  • Show/Hide highlights montre/cache la surbrillance sur vos mots-clés indiqués dans les Settings
  • Show/Hide abstracts montre/cache le résumé
 

Advenant le cas qu'un seul réviseur effectuerait la sélection, les références avec un vote de Yes ou Maybe passeraient immédiatement à l'étape suivante (la sélection en texte intégral).

 

Impact des votes

Selon les cas, la référence sera exclus ou passera à l'étape de sélection en texte intégral.

Annuler un vote

Pour annuler une décision avant qu’un 2ième vote soit placé pour la référence:

  • Consultez la section Awaiting other reviewer.

Pour annuler une décision après que 2 votes ont transféré la référence vers une étape subséquente:

  • Repérez la référence (le tri Most recent* peut être utile ici) et utilisez le bouton Move to… (vers l'étape précédente)
  • ATTENTION: ceci annule les 2 votes.

*Tri Most recent: la référence sur laquelle une action récente a été appliquée (pas la date de publication)

Pour annuler une décision immédiatement après l'avoir prise:

  • un bouton Undo apparaît pour la référence qui vient d'être traitée

 

Résolution de conflits

Un consensus doit être établi pour la résolution des conflits, qui se retrouve dans l’onglet Resolve conflicts.

Les règles de résolution de conflits (qui fait quoi?) sont établies dans les paramètres (Team settings).

À l’étape de la sélection par titre-résumé, les choix sont: Oui, Non, Peut-être.

Articles en libre accès

Ces articles sont importés automatiquement par Covidence dans l’étape de sélection en texte intégral.

 

Articles dans des revues sous abonnement (communauté UdeS)

A) Importation en lot : 

La fonction Bulk upload PDFs vous permet d’importer en lot le texte intégral des articles manquants. Votre résolveur de lien doit être configuré dans votre logiciel bibliographique (Instructions pour Zotero). Ci-dessous se trouve les instructions avec Zotero, mais vous pouvez utiliser Endnote aussi pour ceci.

Dans la section Full text review, cliquez sur le bouton Bulk upload missing full texts (en haut à droite de la page);

  • Étape 1 : Cliquez sur Dowload studies et enregistrez le fichier sur votre ordinateur; 
  • Étape 2 : Dans Zotero : 
  1. Ouvrez le fichier dans un nouveau dossier Zotero avec le bouton Importer disponible dans l'onglet Fichier;  
  2. Cherchez le texte intégral en utilisant l’option Trouvez un PDF disponible en exécutant un clic droit sur la référence (il est possible de le faire sur une sélection de plusieurs références);  
  3. Exportez le dossier Zotero en format Endnote.xml en cochant les options Exporter les notes et Exporter les fichiers (voir l'aide Covidence pour plus de détails); 
  • Étape 3 : Cliquez sur le bouton Choose XML file et télécharger le fichier .xml; 
  • Étape 4 : Sélectionnez le dossier PDF avec le bouton Choose folder. 

 

B) Importation d'un article à la fois (4 options possibles) : 

Avec le PDF dans vos dossiers:

  • Cliquez sur Upload full text, sous chaque article, pour ajoutez le PDF préalablement enregistré sur l’ordinateur à la référence de Covidence; ou

  • Glissez-déposez le fichier PDF sur la référence; ou

Sans le PDF:

  • Cliquez sur le DOI de l'article pour voir les accès que vous avez (si l'article n'est pas dans les abonnements de l'UdeS, il faut faire une demande de prêt entre bibliothèques).

  • Ajoutez l'extension Libkey Nomad à votre navigateur pour obtenir un lien vers le texte intégral d'articles disponibles dans de nombreux abonnements de l'UdeS (si l'article n'est pas dans les abonnements de l'UdeS, il faut faire une demande de prêt entre bibliothèques).

 

Articles qui ne sont pas dans nos abonnements (communauté UdeS)

Suite à toutes ces options, utilisez notre service sans frais de prêt entre bibliothèques pour commander les articles manquants. Vous pouvez générer une liste d'articles pour lesquels vous n'avez pas le texte intégral (voir l'étape 1 de la section ci-haut).

 

DROIT D’AUTEUR : LES ARTICLES AJOUTÉS DANS COVIDENCE SONT SOUMIS AU DROIT D'AUTEUR. LA REPRODUCTION D’UNE OEUVRE PROTÉGÉE PAR LA LOI CANADIENNE SUR LE DROIT D’AUTEUR NE PEUT ÊTRE UTILISÉE QU’À DES FINS D’ÉTUDE PRIVÉE OU DE RECHERCHE (L.R.C.1985, c C-42, ART. 30.2 OU 30.21). TOUT USAGE À D’AUTRES FINS EXIGE L’AUTORISATION DU TITULAIRE DES DROITS. DES RECOURS CIVILS ET CRIMINELS SONT PRÉVUS EN CAS DE VIOLATION DU DROIT D’AUTEUR.
Marche à suivre pour chaque réviseur
A PRIORI: La liste de critères d’exclusion doit être paramétrée (Settings -> Eligibility)

 

Les raisons d’exclusion à cette étape doivent être colligées dans la majorité des méthodologies. Idéalement, on applique la 1ère raison d’exclusion qui s’applique, car les 2 réviseurs doivent s’entendre sur la raison d’exclusion. Les raisons d’exclusion apparaissent automatiquement sur le diagramme de flux PRISMA.

  1. Dans la sous-section Full text review, appuyez sur Continue
  2. Après la lecture de l'article, votez Include ou Exclude (en indiquant la raison d'exclusion)
 

Options:

  • Filter permet de chercher des mots ou filtrer selon vos étiquettes (study tags)
  • Tags permet d’étiqueter une référence cochée
  • Criteria montre/cache vos critères PICOS d’inclusion/exclusion
  • Show/Hide highlights montre/cache la surbrillance sur vos mots-clés indiqués dans les Settings
  • Show/Hide abstracts montre/cache le résumé

 

Advenant le cas qu'un seul réviseur effectuerait la sélection, les références avec un vote de Include seront automatiquement incluses dans la sélection finale.

 

Impact des votes

Annuler un vote

Pour annuler une décision avant qu’un 2ième vote soit placé pour la référence:

  • Consultez la section Awaiting other reviewer.

Pour annuler une décision après que 2 votes ont transféré la référence vers une étape subséquente:

  • Repérez la référence (le tri Most recent* peut être utile ici) et utilisez le bouton Move to… (vers l'étape précédente)
  • ATTENTION: ceci annule les 2 votes.

*Tri Most recent: la référence sur laquelle une action récente a été appliquée (pas la date de publication)

Pour annuler une décision immédiatement après l'avoir prise:

  • un bouton Undo apparaît pour la référence qui vient d'être traitée

 

Résolution de conflits

Comme à l’étape de sélection titre-résumé, un consensus doit être établi pour la décision finale concernent les conflits, qui se retrouve dans l’onglet Resolve conflicts.

Les règles de résolution de conflits (qui fait quoi?) sont établies dans les paramètres (Team settings).

À cette étape, la décision est finale.

Pour aller plus loin

 

Avantages Limites

 

  • Gestion automatique en double aveugle des votes et désaccords
  • Texte intégral en libre accès ajouté automatiquement
  • Calcul automatique du kappa de Cohen
  • Diagramme de flux continue de se remplir automatiquement
  • Outils facilitant le repérage (filtres, étiquettes, IA, etc.)…permettent d’aller plus rapidement

 

  • Annuler sa propre décision après 2 votes oblige les 2 réviseurs à refaire leur décision
  • Pas de lien direct vers les abonnements institutionnels pour le texte intégral
  • Outils facilitant le repérage (filtres, étiquettes, IA, etc.)… pourraient générer des biais

 

 

  • Piloter votre processus de sélection.
  • Lister vos raisons d’exclusion :
    • en ordre d’importance
    • en utilisant une numérotation, ex. a), b), c)…(la liste sera triée automatiquement en ordre alphanumérique).
    •  
  • Il est possible d’effectuer uniquement la sélection dans Covidence et d’exporter les références après cette étape.