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Synthèses des connaissances: Extraire les données

Ce guide propose des informations et ressources sur les synthèses des connaissances.

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Contrer le "salami slicing"

Regrouper des publications en 1 étude (Merging)

Parfois nommée « salami slicing », la pratique de publier en plusieurs articles une même étude entraîne des difficultés dans les synthèses, car on ne veut pas dédoubler les mêmes données dans nos analyses. 

File:Salame ticinese.jpg

(Image: Salame ticinese par Zacharie Grossen)

Pour regrouper des publications en une étude :

  1. Sélectionner les références en les cochant
  2. Cliquer sur Merge as study
Pour plus d’information, voir: Merging and un-merging studies
 

Extraire les données

Selon le type d’extraction choisi, les options seront différentes.

Toutefois, autant pour l’extraction 1 que l’extraction 2, les grandes étapes d’exécution sont les mêmes:

  1. Créer un gabarit
  2. Publier le gabarit
  3. Piloter l’extraction
  4. Republier le gabarit si nécessaire
  5. Effectuer l’extraction de données, qui sera en 2 étapes avec 2 réviseurs:
    1. Chaque réviseur effectue l'extraction pour chaque étude
    2. Toute divergence doit être résolue par consensus

Seule l'extraction 2 permet d'effectuer l'extraction des données avec un seul réviseur. Consultez ces pages pour plus d'information:

Extraction des données selon les types d'extraction

 

Le type d'extraction choisi dépend de votre méthodologie et de vos objectifs et on doit le spécifier dans les paramètres de la revue (Review settings). 

Consultez la page How to decide when to use Extraction 1 vs Extraction 2 (Covidence) pour plus d'information (image ci-contre tirée de la page).

L'extraction 1 est conçue spécifiquement pour des revues systématiques d’interventions et recommandée par Cochrane. Le gabarit d’extraction est préconçu avec des champs par défaut obligatoires, mais on peut ajouter certains champs ou en ajuster. Le gabarit d’évaluation de la qualité par défaut est le Cochrane ROB1 ou un gabarit de domaines à créer soi-même.

L'extraction 2 est conçue spécifiquement pour d’autres types de revues (qualitative, examen de la portée [scoping],…). Les gabarits sont complètement personnalisables.

 

Extraction 1 - Créer un gabarit

L’extraction 1 est conçue pour faciliter l’extraction des revues systématiques d’interventions ciblant principalement les ECRs.

 

Les gabarits d’extraction et d’évaluation de la qualité ont été conçus en fonction de cette méthodologie.

Consultez :

 

 
Extraction 1 - Rôles des réviseurs #1 et #2

 

 

 

Dans ce type d'extraction, les rôles des réviseurs sont différents et définis dans les Teams settings, incluant les règles pour le consensus:

« “Consensus can be resolved by” lets you control who can complete consensus during data extraction. Along with this rule, a consensus reviewer also needs to be either the 1st Reviewer or the 2nd Reviewer for a study. »

Voir la page FAQ: What can the 1st and 2nd reviewers do when extracting data? 

 
Extraction 1 - Colliger les données dans le formulaire

Une fois le gabarit d'extraction de données créé et publié, on peut colliger les données des études. 

Voir: 

 

Extraction 1 - Comparaison et consensus

 

Chaque champ doit contenir exactement la même information pour générer un consensus automatique. Une décision sera requise pour toute divergence ou pour tout champ vide.

On peut cliquer sur le champ que l'on veut conserver ou inscrire directement l'information désirée dans le champ de consensus.

À noter: les données d’effets/résultats (outcomes) oubliées seront encadrées en rouge et celles marquées comme étant absentes seront dans un champ grisé.

Voir: How to do comparison and consensus [Extraction 1] (source du .gif)

Extraction 2 : Créer un gabarit

L’extraction 2 est conçue pour l’extraction des revues de divers types (qualitative, examen de la portée [scoping], etc.).

Les gabarits d’extraction et d’évaluation de la qualité sont beaucoup plus personnalisables.

Items pouvant être utilisés:

  • Champ texte (Textfield)
  • Choix simple (Single choice item)
  • Boîtes à cocher (Checkboxes)
  • Titre et sous-titre (Heading or Subheading)
  • Champ d’instructions aux réviseurs

Consultez :

 

Extraction 2 - Colliger les données dans le formulaire
  1. Cliquer sur Begin extraction
  2. Colliger les informations dans le formulaire à partir du PDF à gauche
  3. Enregistrer avant de quitter
  4. Inscrire des commentaires pour l’étape de consensus (facultatif)
  5. Pour finaliser, cliquez sur Send for Consensus

 

Il est possible d’intégrer des commentaires pour la personne qui effectue le consensus. Ces commentaires ne sont pas exportés.

Voir How to extract data [Extraction 2].

 

Extraction 2 : Comparaison et consensus
Un conflit sera généré pour chaque champ qui ne contient pas la même information. Une décision sera requise pour toute divergence, mais, dans le cas de l’Extraction 2, pas pour des champs vides.
Voir How to do comparison and consensus [Extraction 2].

Pour aller plus loin

 

Avantages Limites

 

  • Divergences repérées automatiquement
  • Gabarits + ou - personnalisables selon les modes d’extraction et méthodes choisis

 

  • Le copier-coller peut générer des difficultés d’encodage lorsque l’on exporte en .CSV
  • Pas parfaitement adapté à tout type d’extraction de données (ex. thèmes émergents pour une analyse thématique inductive)

 

 

  • Familiarisez-vous pleinement avec les possibilités et options du mode d’extraction que vous aurez choisi
  • Pour faciliter l’extraction et le consensus
    • Pilotez votre formulaire d’extraction pour peaufiner l’accord inter-juge.
    • Établissez des règles d’écriture pour l’extraction (ex. décimale marquée avec une virgule; pays = lieu où habite les participants; etc.)
    • Testez le format des informations que vous voulez extraire du PDF par copier-coller en les copiant dans un éditeur texte. Ceci pourrait vous éviter d’avoir de mauvaises surprises lors de l’importation des données .CSV vers votre chiffrier (ex. des retours de chariots dans des champs, ce qui détruit la structure des données).
    • Favorisez des questions à réponses fermées lorsque possible (ex. choix de réponses) (extraction 2)
    • Inclure des instructions aux réviseurs (extraction 2)